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细胞在发生凋亡时，会激活一些DNA内切酶，这些内切酶会切断核小体间的基因组DNA。细胞凋亡时抽提DNA进行电泳检测，可以发现180-200bp的DNA ladder。基因组DNA断裂时，暴露的3’-OH可以在末端脱氧核苷酸转移酶(Terminal Deoxynucleotidyl Transferase, TdT) 的催化下加上荧光素 (FITC) 标记的dUTP (fluorescein-dUTP) ，从而可以通过荧光显微镜或流式细胞仪进行检测，这就是TUNEL (TdT-mediated dUTP Nick-End Labeling) 法检测细胞凋亡的原理。
Tunel染色
（1） 脱蜡：65℃、30min；二甲苯I 10min、二甲苯II 10min ；
（2）水化：将脱蜡后的切片经100%酒精、95%酒精、85%酒精、75%酒精、双蒸水各3min ；
（3）消化：将玻片浸入胰蛋白酶内消化40分钟，PBS洗3min×3次。
（4）制备TUNEL反应混合液。
（5）加50μl TUNEL反应混合液于标本上，加盖玻片或封口膜在暗湿盒中反应37℃反应1h；PBS洗3min×3次。
（6）加50ul POD于标本上，加盖玻片或封口膜在暗湿盒中反应37℃×30min，PBS洗3min×3次。
（7）DAB染色3-10min，自来水冲洗，苏木素复染， 1%盐酸酒精分化，显微镜下观察，控制染色程度。
（8）脱水：75%酒精、85%酒精、95%酒精、100%酒精，逐级脱水、各3min.
（9）透明：二甲苯透明3min×2次。
（10）中性树胶封片。
注：
以上是石蜡包埋样本的处理方式
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