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普鲁士蓝染色是非常经典的组织化学反应，是显示组织内三价铁的一种敏感、传统优良的方法，其染色原理为：三价铁离子从蛋白质中被稀盐酸分离出来，生成不溶解的蓝色化合物，即普鲁士蓝。
TTC染色原理：TTC（2，3，5—氯化三苯基四氮唑）是脂溶性光敏感复合物，它是呼吸链中吡啶—核苷结构酶系统的质子受体，与正常组织中的脱氢酶反应而呈红色，而缺血组织内脱氢酶活性下降，不能反应，故不会产生变化呈苍白。
茜素红染色原理：茜素红与钙发生显色反应，产生一种深红色的带色化合物，这样成骨诱导的细胞外面沉积的钙结节也就被染成了深红色。
Timm染色是一种能够显示组织细胞内重金属分布的常用方法。苔藓纤维末端是脑内含锌量高的区域，因此可以用此方法显示苔藓纤维末梢分布的情况
尼氏染色即Nissl染色法，用来鉴定神经元胞体中的尼氏体，是常用的神经细胞染色，在该染色中，尼氏小体清晰可见，可区分轴突和树突等。染色结果：尼氏体呈紫色、细胞核呈蓝色。
Mallory三色染色 实验原理：三色染色通常是指染胞核和能选择性的显示胶原纤维和肌纤维。该染色原理与阴离子染料分子的大小和组织渗透有关：分子的大小由分子量来体现，小分子量易穿透结构致密、渗透性低的组织;而大分子量则只能进入结构疏松的、渗透性高的组织。
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